Μια μελέτη που χρηματοδοτήθηκε από το Κέντρο Πληροφοριών για την Υγεία των Χοίρων (Swine Health Information Center) διερεύνησε εάν μια αύξηση στα αρνητικά αποτελέσματα δοκιμών για ενδημικά παθογόνα θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως έγκαιρο προειδοποιητικό σήμα για αναδυόμενες ασθένειες. Με επικεφαλή τον Giovani Trevisan στο Πολιτειακό Πανεπιστήμιο της Αϊόβα, μια ομάδα επιστημόνων από έξι κτηνιατρικά διαγνωστικά εργαστήρια αξιολόγησε διαφορετικά μοντέλα επιτήρησης χρησιμοποιώντας ενδημικά αποτελέσματα δοκιμών PCR αρνητικών για τον εντερικό κορωνοϊό για να προβλέψουν την εμφάνιση νέου εντερικού κοροναϊού. Ως εναλλακτική προσέγγιση για την ανίχνευση μιας νέας απειλής για την υγεία των ζώων που προκαλεί παρόμοια κλινικά συμπτώματα, οι ερευνητές προσδιόρισαν ότι το αρνητικό σύστημα παρακολούθησης του ιού της μεταδοτικής γαστρεντερίτιδας λειτούργησε καλά για την επιδημία του ιού της διάρροιας του 2013. Συγκεκριμένα, τα αποτελέσματα έδειξαν ότι οι συναγερμοί αναδυόμενων ασθενειών μπορούσαν να εντοπιστούν τέσσερις εβδομάδες νωρίτερα από την πρώτη επίσημη διάγνωση του Ιού επιδημικής διάρροιας χοίρων (Porcine epidemic diarrhea virus - PEDV) στις Η.Π.Α.

Οι απροσδόκητες αυξήσεις στα αρνητικά αποτελέσματα των δοκιμών μπορούν να χρησιμεύσουν ως σύστημα προειδοποίησης για την προειδοποίηση των κτηνιάτρων και των παραγωγών μιας αναδυόμενης νόσου των χοίρων. Διαβάστε την πλήρη δημοσίευση στον ιστότοπο του SHIC, πατώντας εδώ.

Η τακτική παρακολούθηση των εργαστηριακών υποβολών για αλλαγές στα αποτελέσματα των δοκιμών μπορεί να αποκαλύψει τάσεις στη δραστηριότητα των παθογόνων, την εποχικότητα και να παράσχει στοιχεία για την εμφάνιση παθογόνων. Τα συστήματα παρακολούθησης και επιτήρησης παθογόνων είναι μέτρα ρουτίνας για την κτηνιατρική και αναγνωρίζονται ως εργαλεία για αποτελεσματικό έλεγχο και πρόληψη ασθενειών στους πληθυσμούς. Ο πρωταρχικός στόχος των συστημάτων παρακολούθησης και επιτήρησης είναι ο έγκαιρος και ακριβής εντοπισμός των αναδυόμενων και επανεμφανιζόμενων παθογόνων μικροοργανισμών με ελάχιστους ή καθόλου ψευδείς συναγερμούς. Τα συστήματα περιλαμβάνουν γενική παθητική επιτήρηση, τακτικές εργαστηριακές υποβολές, επιθεωρήσεις μετακίνησης ζώων, αγορές ζώων και άλλες δευτερεύουσες πηγές δεδομένων.

Σε αυτή τη μελέτη που χρηματοδοτήθηκε από το SHIC, προτάθηκε ένα σύστημα παρακολούθησης που χρησιμοποιεί αρνητικά αποτελέσματα από τη δοκιμή PCR για τον εντερικό κορωνοϊό στις Η.Π.Α., όπου ο πρωταρχικός στόχος ήταν ο έγκαιρος εντοπισμός μιας παρατεταμένης αύξησης στις αρνητικές υποβολές που έδειχναν ότι είχε εμφανιστεί νέο παθογόνο. Τα δεδομένα που χρησιμοποιήθηκαν σε αυτή τη μελέτη ανακτήθηκαν από το Σύστημα Αναφοράς Νόσων των Χοίρων, το οποίο είναι ένα έργο συνεχούς παρακολούθησης που συγκεντρώνει αποτελέσματα ανώνυμων διαγνωστικών δοκιμών παραγωγού από έξι συμμετέχοντες VDL των ΗΠΑ.

Πραγματικά διαγνωστικά δεδομένα σχετικά με τα αρνητικά αποτελέσματα TGEV PCR μεταξύ 2010 και 2013 χρησιμοποιήθηκαν για ένα σύστημα παρακολούθησης βασισμένο σε αρνητικά αποτελέσματα για εντερικούς κορονοϊούς κατά τη διάρκεια της εμφάνισης του PEDV το 2013. Τα αρνητικά αποτελέσματα TGEV και PEDV PCR μεταξύ 2009 και 2014 χρησιμοποιήθηκαν για την παρακολούθηση εμφάνισης του δέλτα κοροναϊού χοίρου το 2014. Στη συνέχεια εφαρμόστηκε η ίδια μεθοδολογία για την παρακολούθηση των αρνητικών αποτελεσμάτων του εντερικού κορωνοϊού από το 2023. Η μονάδα παρατήρησης στη μελέτη ήταν μια διαγνωστική υποβολή χοίρων που κοινοποιήθηκε στη βάση δεδομένων SDRS, η οποία αναζητήθηκε για υποβολές μεταξύ Ιανουαρίου 2009 και Οκτωβρίου 2023. Ο συνολικός αριθμός των αρνητικών και θετικών υποβολών PCR υπολογίστηκε εβδομαδιαία, χρησιμοποιώντας την ημερομηνία που ελήφθη στο VDL ως αθροιστικό παράγοντα. Αυτό το βήμα επαναλήφθηκε για TGEV, PEDV και PDCoV PCR αρνητικά και θετικά αποτελέσματα.

Χρησιμοποιήθηκαν εποχικοί αυτοπαλινδρομικοί-ολοκληρωμένοι αλγόριθμοι κινούμενου μέσου όρου για την εξομάλυνση της χρονοσειράς των αρνητικών υποβολών. Ο σκοπός της διαδικασίας εξομάλυνσης ήταν να ελεγχθούν οι ακραίες τιμές, οι απότομες αλλαγές, οι τάσεις και η εποχικότητα για να αποτραπεί η ενεργοποίηση ψευδών συναγερμών από ανωμαλίες που δεν είναι ενδεικτικές μιας αληθινής αναδυόμενης ασθένειας. Οι προσαρμοσμένες και υπολειμματικές τιμές του SARIMA υποβλήθηκαν σε τέσσερις αλγόριθμους ανίχνευσης ανωμαλιών, EARS, CUSUM, EWMA και Farrington Flexible. Αυτοί οι αλγόριθμοι είναι γραφήματα στατιστικού ελέγχου που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον εντοπισμό παρατεταμένων αυξήσεων και μειώσεων για την παρακολούθηση των αρνητικών αποτελεσμάτων, ενώ ελέγχεται η εποχικότητα και οι τάσεις χρόνου.

Στη μελέτη, και οι τρεις αλγόριθμοι με τις καλύτερες επιδόσεις (CUSUM, EWMA, Farrington flexible) κατέληξαν σε συναγερμούς τέσσερις εβδομάδες νωρίτερα από την πρώτη διάγνωση ασθένειας του PEDV στις ΗΠΑ. Αυτοί οι συναγερμοί θεωρήθηκαν αληθινοί πρώιμοι συναγερμοί εμφάνισης PEDV, δεδομένου ότι οι επιδημιολογικές έρευνες ανέφεραν πως η πρώτη λοίμωξη PEDV επιβεβαιώθηκε με PCR στις 15 Απριλίου 2013, αλλά ότι ο ιός πιθανότατα κυκλοφορούσε στις ΗΠΑ για λίγες εβδομάδες πριν. Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι η χρήση αρνητικής παρακολούθησης εντόπισε με ακρίβεια τη συνεχή αύξηση των αρνητικών υποβολών TGEV που ευθυγραμμίζονται με την εμφάνιση του PEDV το 2013. Αν και η εμφάνιση PDCoV ήταν μικρότερη σε μέγεθος από το PEDV, εντοπίστηκαν συναγερμοί λόγω των αυξήσεων των αρνητικών αποτελεσμάτων δοκιμών TGEV και PEDV PCR. Το σύστημα παρακολούθησης δεν αποκάλυψε συναγερμούς για αρνητικά εντερικά δεδομένα PCR του 2023.

Η συνεχής παρακολούθηση των παραμέτρων υγείας των ζώων και η τακτική παρακολούθηση των εργαστηριακών υποβολών παρέχει αξία στην αποκάλυψη των τάσεων και στην παροχή έγκαιρων προειδοποιήσεων. Η έγκαιρη ανίχνευση της εμφάνισης νέου παθογόνου, ακόμη και χωρίς άμεση ταυτοποίηση του συγκεκριμένου παθογόνου, θα παρέχει στους ενδιαφερόμενους ευκαιρίες για προληπτικές απαντήσεις, βιοπεριορισμό, κατανομή πόρων, διαγνωστικά και ευαισθητοποίηση.





Photo by Amber Kipp on Unsplash