Σημείωση του συντάκτη: Τα παρακάτω προέρχονται από μια παρουσίαση του Joaquin Alvarez-Norambuena και των συναδέλφων του στο Πανεπιστήμιο της Μινεσότα, ΗΠΑ, κατά τη διάρκεια του Συνεδρίου Χοίρων Leman του 2025.

Ο ιός της γρίπης Α (IAV) είναι ένα σημαντικό παθογόνο στις αγέλες χοίρων, προκαλώντας σημαντικές οικονομικές απώλειες στους παραγωγούς. Η εμφάνιση νέων ιών γρίπης είναι συχνή εν μέρει λόγω της τμηματοποιημένης φύσης του γονιδιώματος του ιού, της συν-κυκλοφορίας διακριτών ιικών στελεχών και της συχνής εισαγωγής νέων στελεχών, ιδίως εκείνων ανθρώπινης προέλευσης, που μπορούν να οδηγήσουν σε νέους ανασυνδυασμένους ιούς.

Παρόλο που η ποικιλομορφία των IAV έχει τεκμηριωθεί καλά, υπάρχουν περιορισμένες πληροφορίες σχετικά με το πώς οι πρακτικές διαχείρισης των εκμεταλλεύσεων επηρεάζουν την ποικιλομορφία των IAV. Μια μελέτη αξιολόγησε τη συσχέτιση μεταξύ των πρακτικών διαχείρισης σε επίπεδο αγέλης και της γενετικής ποικιλομορφίας των IAV στα χοιρίδια απογαλακτισμού.

Μια προσέγγιση αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος χρησιμοποιήθηκε σε ρινικά επιχρίσματα θετικά για IAV που συλλέχθηκαν από χοιρίδια απογαλακτισμού που ελήφθησαν από 14 χοιροτροφικές μονάδες της Μεσοδυτικής Αμερικής (Nirmala et al., 2021). Κάθε τμήμα γονιδίου του ιού της γρίπης ταξινομήθηκε με βάση την προέλευση ή τη γενεαλογία του. Ένας γονότυπος ορίστηκε ως ο αστερισμός διακριτών γενεαλογικών γραμμών που ανιχνεύθηκαν σε ολόκληρο το γονιδίωμα του IAV. Εάν ένα τμήμα δεν μπορούσε να αλληλουχηθεί, ένας γονότυπος περιελάμβανε την ονομασία "μη αλληλουχημένο (N/S)" για αυτό το τμήμα.

Για την ποσοτικοποίηση της ποικιλομορφίας του IAV σε επίπεδο αγέλης χρησιμοποιήθηκε ο δείκτης ποικιλομορφίας Shannon, λαμβάνοντας υπόψη τον αριθμό των μοναδικών γονότυπων (πλούτος) και την ομοιομορφία των γονότυπων. Πληροφορίες σχετικά με τις πρακτικές διαχείρισης της παραγωγής ελήφθησαν για κάθε αγέλη χρησιμοποιώντας μια δομημένη έρευνα και περιελάμβαναν πληροφορίες για τον εμβολιασμό κατά του IAV, τον αερισμό της εκμετάλλευσης, την προέλευση των θηλυκών χοίρων, τη στέγαση των θηλυκών χοίρων, την κατάσταση του αναπαραγωγικού και αναπνευστικού συνδρόμου των χοίρων (PRRS) και το μέγεθος της αγέλης.

Ο δείκτης ποικιλομορφίας Shannon διέφερε μεταξύ των κοπαδιών, με τα κοπάδια να εμφανίζουν τόσο υψηλότερο πλούτο γονότυπων (που έχουν περισσότερους γονότυπους) όσο και υψηλότερη ομοιομορφία (οι γονότυποι είναι πιο ομοιόμορφα κατανεμημένοι). Το τελικό μοντέλο παλινδρόμησης έδειξε ισχυρή συσχέτιση μεταξύ της ποικιλομορφίας γονότυπων και συγκεκριμένων πρακτικών διαχείρισης.

Ο χρόνος εμβολιασμού ήταν ο πιο σημαντικός παράγοντας, με τα κοπάδια που χρησιμοποιούν μαζικό ή προγεννητικό εμβολιασμό να έχουν σημαντικά χαμηλότερη ποικιλομορφία γονότυπων σε σύγκριση με τις εκμεταλλεύσεις που δεν εμβολίασαν.

Η στέγαση των θηλυκών χοιρινών επηρεάζει επίσης την ποικιλομορφία γονότυπων, με τα θηλυκά χοιρινά που χρησιμοποιούν διαδικασίες all-in/all-out σε επίπεδο δωματίου ή αχυρώνα να έχουν επίσης μειωμένη ποικιλομορφία σε σύγκριση με τη συνεχή ροή.

Τα κοπάδια με μηχανικό αερισμό και εκείνα που προμηθεύονταν θηλυκούς χοίρους από το ίδιο σύστημα παραγωγής είχαν χαμηλότερη ποικιλομορφία από τα κοπάδια με μικτό αερισμό ή εξωτερικές πηγές θηλυκών χοίρων.

Αντίθετα, η πρόσφατη εισαγωγή του ιού του αναπαραγωγικού και αναπνευστικού συνδρόμου των χοίρων (PRRS) και το μεγαλύτερο μέγεθος του κοπαδιού συσχετίστηκαν με αυξημένη ποικιλομορφία του IAV.

Αυτή η μελέτη παρέχει στοιχεία πεδίου που αποδεικνύουν ότι οι πρακτικές διαχείρισης σε επίπεδο κοπαδιού μπορούν να επηρεάσουν τη γενετική ποικιλομορφία του IAV σε πληθυσμούς χοίρων. Πρακτικές όπως ο εμβολιασμός, η διαχείριση των θηλυκών χοιριδίων και η συν-λοίμωξη με άλλες ασθένειες φαίνεται να διαμορφώνουν το εξελικτικό τοπίο του IAV τροποποιώντας τις ευκαιρίες για συν-λοίμωξη και αναδιανομή. Η ενσωμάτωση της επιτήρησης του IAV με συγκεκριμένες πρακτικές διαχείρισης μπορεί να είναι απαραίτητη για τον σχεδιασμό αποτελεσματικών στρατηγικών ελέγχου του IAV σε χοίρους.